Pré-aqueça o forno a 350 graus e forre uma assadeira com papel manteiga.
Em uma frigideira, aqueça o azeite em fogo médio. Refogue os cogumelos com uma colher de chá de sal e pimenta-do-reino. Adicione o tomilho. Cozinhe os cogumelos até dourar, aproximadamente 4 minutos. Retire da panela e reserve.
Adicione a manteiga, a cebola e o alho à frigideira e refogue por 2 minutos. Cozinhe a carne moída em fogo médio até dourar, aproximadamente 4 minutos.
Adicione a farinha e o colorau para cobrir uniformemente.
Adicione o caldo de carne, o creme de leite e a mostarda. Misture bem e adicione os cogumelos novamente.
Encha o pão oco com estrogonofe e cubra com queijo mussarela. Coloque na assadeira preparada e leve ao forno por 5 a 10 minutos até que o queijo esteja dourado e derretido.